Clustal
Clustal é um programa de computador para alinhamento múltiplo de sequências amplamente usado. Sua versão mais recente é a 2.1. Existem duas variações principais:ClustalW: interface de linha de comandos ClustalX: Esta versão possui uma interface gráfica de usuário. Ele está disponível para Windows, Mac OS e Unix / Linux.
Este programa aceita uma grande variedade de formatos de entrada. Incluindo NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF, e GDE. O formato de saída pode ser um ou vários dos seguintes: Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE, or NEXUS.
Imagem: Danielle Wisemiller · BY-SA · Openverse
As três opções são feitas automaticamente quando você seleciona "Fazer Alinhamento completo" ("Do Complete Alignment"). Outras opções são "Fazer alinhamento da árvore guia" ("Do Alignment from guide tree") e "Produza somente a árvore guia" ("Produce guide tree only").
Imagem: Tomcalob · BY-SA · Openverse
Os usuários podem alinhar as seqüências usando a configuração padrão, mas ocasionalmente pode ser útil personalizar com os seus próprios parâmetros. Os principais parâmetros são a penalidade de lacuna aberta (gap opening penalty) e a penalidade por extensão de lacuna (gap extension penalty).
