CASP
O CASP é uma competição mundial de predição de estrutura de proteínas que ocorre a cada dois anos, desde 1994, e envolve toda a comunidade científica. O objetivo do CASP é oferecer aos grupos de pesquisa a oportunidade de testar seus métodos de predição de forma objetiva, além de fornecer uma avaliação independente e rigorosa do estado da arte em modelagem estrutural para pesquisadores e usuários de software.
O principal método de avaliação no CASP consiste em comparar as posições dos átomos de carbono-alfa previstos pelos modelos com aquelas da estrutura alvo. Essa comparação é representada visualmente por meio de gráficos cumulativos de distância entre pares equivalentes de carbonos-α no alinhamento entre modelo e alvo (um modelo perfeito permaneceria próximo de zero ao longo de toda a curva). A partir desses dados, calcula-se a pontuação GDT-TS (Global Distance Test -Total Score), que expressa a porcentagem de resíduos corretamente modelados em relação à estrutura real. A modelagem livre (isto é, predições sem o uso de moldes ou de novo) também é avaliada pelos examinadores de forma visual, já que métricas puramente numéricas não são tão eficazes para detectar semelhanças estruturais sutis nos casos mais desafiadores. Em CASPs anteriores, previsões baseadas em modelos de alta precisão foram analisadas quanto à sua aplicabilidade para substituição molecular na determinação de fases cristalográficas (CASP7), com diversos sucessos posteriormente confirmados. No CASP8, a avaliação passou a considerar a qualidade do modelo completo (e não apenas do traçado do carbono-α) e sua correspondência global com o alvo.
Categorias de avaliação
Os resultados do CASP são organizados nas seguintes categorias de predição: A categoria de predição de estrutura terciária passou a incluir três subáreas:
Evolução das categorias
A partir do CASP7, as categorias foram reestruturadas para refletir avanços na área: Devido ao número limitado de alvos verdadeiramente sem templates, foi introduzido em 2011 o CASP ROLL (experimento contínuo voltado para a avaliação rigorosa de métodos de modelagem livre, com um volume maior de alvos fora da temporada principal do CASP). Diferentemente do LiveBench e do EVA, o CASP ROLL mantém o princípio da predição cega, avaliando modelos contra estruturas que ainda não foram divulgadas.
Publicação dos resultados
Os resultados completos do CASP são publicados como edições suplementares da revista Proteins, disponíveis no site oficial do CASP. Cada suplemento apresenta:
Imagem: jacilluch · BY-SA · Openverse
Em dezembro de 2018, o CASP13 ganhou destaque internacional quando o desafio foi vencido pelo AlphaFold, programa de inteligência artificial desenvolvido pela DeepMind. Em novembro de 2020, uma versão aprimorada da ferramenta, o AlphaFold2, conquistou novamente o primeiro lugar no CASP14. Segundo John Moult, um dos cofundadores do CASP, o AlphaFold2 alcançou cerca de 90 pontos em uma escala de 100 na precisão de predição para proteínas de dificuldade moderada. O AlphaFold tornou-se código aberto em 2021, e, no CASP15, realizado em 2022, embora a DeepMind não tenha participado, praticamente todas as equipes de alto desempenho utilizaram o AlphaFold ou variantes baseadas nele - evidenciando o impacto transformador da ferramenta na área.
